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如何使用 AlphaEaseFC 软件来处理 Western Blot 电泳图

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如何使用AlphaEaseFC 软件来处理Western Blot电泳图

首先,鼠标点击图标:

  打开AlphaEaseFC 软件,然后在File中点击open,打开一张western blot的结果图,于是出现以下界面:

 

界面分为五个部分,横竖两个菜单条,三个窗口:图片、Tool BoxContrast Adjustment。打开图片后,若需要裁剪图片的话点击Edit,选中Edit Activition,在图片中选取裁剪区域,鼠标点到白色正方形可以调整裁剪区域大小,再点击Edit,选中Crop,若想重新保存裁剪后的图片可以点击File,选中Save modified,若要覆盖原图片可以选Save。左边的菜条有一些快捷按钮:图片叠加、打开、保存、放大、缩小、饱和度调节等。

 

  然后利用Contrast Adjustant中如灰度系数Gamma 、线性 Linear 、使色彩均化Equal 等选项来调整条带与背景的最适合的灰度。以下是裁剪和灰度调整后的western 图。

如果图片本身不够完美,比如有噪点或者轮廓模糊,不用怕,我们可以帮它化个妆,点击Enhancement Tools,点击Filters,再选中sharpenFilter就可以去噪点和使条带锐化,条带瞬间变得美美哒。

  

  接下来在Tool Box中选中Analysis Tools,选中Spot Denso,界面会弹出Spot Denso Results窗口,Spot Denso ResultsIDV一栏所示是目标条带的灰度值,注意Black is 255,while is 0,若显示为Black is 0,while is 255时则要在Tool Box中选中Invert逆转过来。在这里的Object有三种方式供选择来圈住条带,表示用椭圆形来圈条带,表示用长方形来圈条带,而表示按照鼠标移动的轨迹来圈住条带,三种方式各有利弊,手抖的童鞋慎用第三种。本文以第三种方式演示怎样圈条带获得灰度值。点击,在目标条带中沿着条带轮廓将条带圈起,鼠标点到白色正方形处可以调整所圈住的区域大小,接着在所圈的条带以外点击鼠标,目标条带左上方出现1,表示第一条条带,在Spot Denso ResultsIDV栏出现的数值就是该条带的灰度值。然后再点击,重复上述操作圈住第二条、第三条、第四条······条带。

 

待所有的目的条带都被我们圈起来以后,点击OUTPUT,选择保存的地方,则可将灰度值导出,以TXT的格式保存起来。

 

还有一种圈条带的方法,是针对轮廓比较清晰,与背景的对比度强烈的条带而使用的一种较为智能的方法:在AUTO DETECT中选择AUTO SPOT,在western图中选中要圈住的条带区域,然后回到Tool Box中点击Find spot,弹出一个对话框以后,很快便自动寻找到目标条带,如下图为绿色线条圈住的条带,接着点击get data,获得IDV值,点击OUTPUT,选择保存的地方,则可将灰度值导出。

最后将Txt里的灰度值转移EXCEL中,求得各组中目的条带与内参条带的灰度值比值,再以对照组为分母,实验组为分子,获得实验组与对照组的灰度值比。

 

  简单来说,用AlphaeaseFc 计算Western Blot电泳图灰度值分三步走:调灰度美化图片——圈条带获IDV——EXCEL计算灰度值比值。

 

  自从学会了AlphaEaseFC,再也不用担心western结果图不会处理了!!

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