功能基因组学研究利器ChIA-PET
功能基因组学研究利器——ChIA-PET
首先,让我们先回顾一下分子生物学的基本知识。人类细胞中的DNA序列长度约1828.8毫米,而细胞核的直径只有5微米,那么,如何将这些DNA装入核中是细胞面临的一个巨大挑战。好在DNA并不是裸露地存在于细胞核中,它们由核小体折叠缠绕,形成可以调节的结构。这就意味着DNA序列不能简单地理解为按照一维线性排列,而应该是具有三维折叠和环套状态的结构。
我们知道DNA重测序,转录组测序,甲基化组测序只是功能基因组学研究的冰山一角。人们都知道,我们的基因组中真正编码蛋白的序列比例很低。那么问题来了,那些远离基因的基因组区域在调控生命进程中起到了怎么的作用?2009年,新加坡基因组研究院(Genome Institute of Singapore,GIS)的研究人员在《nature》上发表文章,报道了一种分析基因组三维折叠的新技术——ChIA-PET (Chromatin Interaction Analysis using Paired End Tag sequencing)
一,ChIA-PET简介
ChIA-PET是一种整合了免疫共沉淀(ChIP), 染色质铰链(chromatin proximity ligation),双末端标签(Paired-End Tags)以及高通量测序研究基因组范围内染色质远程交互的技术。单凭这些拗口的名词我们很难理解该方法的精髓,不妨看一下具体实施步骤。如图1,整个流程大致分成8步,
1. 用甲醛铰链DNA和蛋白,目的是让可能存在相互影响的DNA片段连接;
2. 用超声等方法将DNA片段化;
3. 用特异性蛋白抗体富集DNA和蛋白复合物;
4. 在DNA片段末端加上包含MmeI位点的生物素化寡核苷酸linker;
5. 连接linker,从而形成连接目的DNA片段的桥梁;
6. 用限制性内切酶消化得到DNA片段,去除蛋白质;
7. 固定化PET序列;
8. 上机测序。
1,The ChIA-PET experimental protocol, which includes chromatin preparation, ChIP, linker ligation, proximity ligation,MmeI restriction digestion, and DNA sequencing.
二、ChIA-PET的生物信息学分析
进过一系列的实验处理和测序,我们得到来自空间上相互靠近的DNA片段reads,类似于Chip-Seq,研究人员基于ChIA-PET技术开发出了专门的生物信息学工具。2017年1月,清华大学在《核酸研究》上发表了一款名为CHIA-PET2的分析软件(github地址为:https://github.com/GuipengLi/ChIA-PET2),旨在全方面处理多种类型的ChIA-PET数据。如图2,描绘了CHIA-PET2的数据处理流程。CHIA-PET2支持Bridge linker和Half-linker两种ChIA-PET文库,包含perk calling和loop detection算法。
图2,ChIA-PET2 workflow
三、ChIA-PET应用——ENCODE数据获取
虽然ChIA-PET方法在2009年就被提出了,但目前基于该方法的研究还是很少,pubmed中收录的文章数还不足百篇。恩,限制我们想象力的一定是贫穷!既然不舍得花钱,那就去免费下载别人的吧。目前,ChIA-PET数据主要存放在ENCODE数据库中,如图3,ENCODE中有39个来源于不同细胞系的ChIA-PET类型数据。
图3,ENCODE ChIA-PET数据展示
总结
研究表明远离基因的基因组区域在调控疾病方面的重要作用,ChIA-PET方法使得研究染色质相互作用成为可能,帮助人们理解DNA序列上的三维折叠调控基因表达。
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