如何找一个基因的启动子序列

如何找一个基因的启动子序列

三个数据库

1、UCSC

（1）网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear

在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go

（2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它

（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence

（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域

（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了 

2、Ensembl

（1）网址：http://www.ensembl.org/index.html

在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go

（2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它

（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面找“Genomic sequence”，点它

（4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；

（5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦

这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了 

3、SIB-EPD

（1）网址：http://www.epd.isb-sib.ch/

（2）具体使用方法大同小异，就是输入物种名、基因名，限定启动子序列区域

前两个，已经足够用了。 SIB-EPD的库容量太小，很多基因查不到