蛋白质数据库八大金刚

              蛋白质数据库八大金刚

蛋白质是生命生命活动的体现者，因此受到科研工作重点关注，也是生命科学发文的热点方向。但由于执行复杂生命活动的蛋白质的结构和功能的多样性，收录蛋白质信息的数据库往往各有所侧重。
面对名目繁多的蛋白质数据库，很多人感到无所适从。下面是一些平时常用的8个蛋白质数据库，堪称蛋白质数据库的八大金刚，不仅可以满足科研工作的基本需求，也同时提供了一些蛋白质的高级分析。
 

1.Uniprot

https://www.uniprot.org数据:各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列，并包含了很多来自文献中的蛋白及其功能信息。由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成尤其是Swiss-prot 子数据库，库中蛋白质信息都是手工核对过的 ，非冗余， 有详细注释信息的蛋白数据。 

2.Proteinatlas

网址：https://www.proteinatlas.org

数据：The Human Protein Atlas（人类蛋白质图谱数据库）基于蛋白组学、转录组学以及系统生物学数据，可以绘制蛋白质图谱的数据库。免费提供人类编码蛋白信息的公共数据库。全部24,000种编码人类蛋白质的基因在44个正常组织、18种肿瘤组织、69个细胞系和18种血液细胞的mRNA和蛋白质表达信息。其结果用高分辨率免疫组化染色图显示，并且由组织学专业人员进行注释。
 

3.InterPro

网址：https://www.ebi.ac.uk/interpro

数据：集成的蛋白质结构域和功能位点数据库，包含关于蛋白质家族、域、重复序列、和作用位点等数据资源，来自不同数据库的诊断签名的人工注释文件，形成了一个给定的蛋白质家族、结构域和功能位点的独特描述。功能：提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族。
 

4.PDB

网址：https://www.rcsb.org

数据：
蛋白质结构的精确坐标数据（三维结构）。这种数据即蛋白质中的原子坐标，是蛋白质结构的最细致的层次。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。
 

5.Binding DB

网址：https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp

数据：药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力，即非共价结合数据PDB 相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays 数据和ChEMBL 记录数据。6929 个蛋白靶点和505 999个小分子之间1161912个结合数据。在拥有亲和力值的蛋白质- 配体晶体复合物中有2291 个蛋白质拥有100% 的序列一致性，5816 个蛋白质拥有85% 的序列一致性。
功能：药物研发和结合预测模型的构建。
 

6.String

网址：https://string-db.org

数据：检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。功能：生成蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图输入蛋白的的分析：功能富集分析(GO、KEGG)等。
 

7.GeneCards

网址：https://www.genecards.org

数据：所有已记录的和可预测的人类基因相关的综合全面，且方便使用的信息。知识库自动集成来自约150个Web来源的聚焦基因的数据，包括基因组、转录组、蛋白质组、遗传、临床和功能信息。
 

8.GENATLAS

网址：http://geneatlas.roslin.ed.ac.uk/

数据：综合程度非常高，针对基因和蛋白质进行注释。录入的基因、表型都具有参考文献支持。功能：可检索：基因名称、表型、疾病、基因在染色质的位置。

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